После ослабления норм, ограничивающих создание колледжей и университетов, в 1996 г. и изменения системы оплаты обучения в университетах в 2002 г. количество студентов вузов практически утроилось (в 2006 г. их число составляло 967 тыс. человек).

В последние годы популярными были специальности: управление информацией, управление бизнесом, электротехника, машиностроение и финансы.

Программы колледжей и университетов рассчитаны на 4 года, за исключением программ для обучения педагогов, архитекторов, юристов и медиков, которые длятся от 5 до 7 лет.

Пятилетние послевузовские медицинские программы принимают в свои ряды выпускников, имеющих не меньше четырёх кредитов (зачётная единица в высшем учебном заведении; как правило, количество кредитов за курс равно количеству аудиторных занятий в неделю в течение семестра: 1 аудиторное занятие в неделю - 1 "кредит" за курс, 2 аудиторных занятий - 2 "кредита" и т. д.) по биологии, органической химии, физике и математике. Послевузовские программы принимают студентов только после того, как те сдадут соответствующие экзамены. Также к участию в таких программах могут допускаться выпускники неполных колледжей с соответствующим опытом работы.

Магистратура может длиться от 1-го года до 4-х лет. В докторантуру допускаются магистры или выпускники колледжей, специализирующиеся в области медицины. Подобные программы могут длиться от2-х до 7-и лет.

Для повышения качества высшего образования, кроме поощрения вузов к проведению самоаттестации, профессиональным ассоциациям также было поручено осуществлять организационные и научные оценки.

Совет по оценке и аккредитации высшего образования Тайваня (СОАВОТ), финансируемый Министерством образования и 153 университетами и колледжами, был создан для периодической оценки университетской администрации. В 2006 г. Совет начал пятилетнюю программу по управлению оценками и аккредитации отделений и программ бакалавриата и магистратуры.