Первоначально в Московском университете было образовано три факультета со штатом 10 профессоров. На философском факультете полагалось четыре профессора: философии, физики, красноречия и истории. На юридическом факультете работали три профессора: всеобщей и российской юриспруденции, а также политики. Планировалось, что на медицинском факультете будет три профессора: химии, натуральной истории и анатомии (здесь несколько лет были вакансии).

Плановые занятия на факультетах проводились пять дней в неделю. Студенты обязаны были посещать все публичные лекции, а желающие могли также слушать дополнительные курсы. Кроме того, все студенты участвовали в ежемесячных диспутах, которые проводились под руководством штатных профессоров университета. За неделю до очередного диспута объявлялась его тематика и фамилии докладчиков из числа студентов. В конце каждого полугодия в университете организовывались открытые диспуты с участием профессоров, всех студентов и поклонников наук из числа жителей Москвы. Подготовка к диспутам помогала студентам в учебе.

Становление Московского университета проходило трудно. Медленно росла численность студентов - в 1758 г. их было лишь 100 чел. К сожалению, полный списочный состав не сохранился, т.к. пожар 1812 года почти полностью уничтожил университетский архив. Однако по документам различных ведомств и воспоминаниям выпускников университета можно назвать некоторых студентов, приступивших к занятиям в 1755 г.: Иван Артемьев, Петр Вениаминов, Сергей Забелин, Ефим Орлов, Вукол Петров, Илья Семенов, Иван Федулов.

Только тридцать студентов из числа казеннокоштных получали то казны жалованье в размере 40 руб. в год, а остальные жили на собственные средства. В протоколе конференции университета от 2 июля 1759 г. есть такая запись: “Одной из причин, препятствовавших успешности занятий, было отсутствие учебников, которыми казеннокоштные не могли обзавестись по бедности” (Документы и материалы по истории Московского университета второй половины XVIII века. М. 1960. Т. 1. С. 151).

Не случайно еще в конце 1757 г. граф И.И. Шувалов приказал отпускать деньги на обувь и платья, чтобы прилично одеть студентов. Тогда же было приказано выдавать казеннокоштным “в прибавок жалованья для пищи по полтине в месяц каждому”. Инструкция директору университета (§22) запрещала студентам входить в классы в нагольных шубах, серых кафтанах и лаптях, что считалось одеждой бедняков.

Учеба и повседневная жизнь студентов Московского университета регламентировалось уставом и другими документами. Студенты, допускавшие нарушения правил внутреннего распорядка, по решению директора наказывались университетским судом (чаще всего денежными штрафами). Кроме университетского суда, наказывать студентов-нарушителей имели право директор, инспектор и надзиратели. Для реализации мер наказания, при необходимости, привлекались солдаты постоянного караула, который охранял университет.

В силу особого указа от 5 марта 1756 г. Московский университет был подчинен только Правительствующему Сенату. Директор коллежский советник А.М. Аргамаков имел право посылать во все судебные места от имени университета указы, которые подлежали исполнению. Эта существенная привилегия делала Московский университет достаточно независимым от чиновников.