Первые коранические школы основаны в 14 в. В 15–16 вв. в городах Дженне и Томбукту действовали мусульманские университеты. Светские школы были открыты во второй пол. 19 в.

Обязательно (официально) 9-летнее образование. Начальное образование (6 лет) дети получают в возрасте с 7 до 13 лет. Среднее (6 лет) – проходит в два цикла (по три года каждый).

Согласно данным ЮНЕСКО за 2003 Мали входит в список стран, имеющих самый низкий показатель посещения начальной школы детьми женского пола. В 1996 Исламский банк развития предоставил стране заем на 6,1 млн. долл. США на строительство новых школ в сельской местности.

В систему высшего образования входят университет в г.Бамако (действует с серед. 1990-х.), несколько институтов и 7 колледжей. В г.Томбукту в 2000 создан центр исследования африканских письменных источников. В 2003 грамотными были 46,4% населения (53,5% мужчин и 39,6% женщин).