В 1715 г. на базе высших (навигаторских) классов школы была создана Морская академия (Академия морской гвардии), которую разместили в Петербурге. Младшие классы Школы математических и навигационных наук еще несколько лет оставались в Москве и выполняли роль подготовительного училища для академии.

Общее руководство Морской академией в период ее становления осуществлял граф А.А.Матвеев. Учащиеся числились на военной службе и находились на полном государственном обеспечении. Жизнь, учеба и служба в Морской академии регламентировалась специальной инструкцией, которую Петр 1 утвердил 1 октября 1715 г.( см.: Полное собрание законов Российской империи. СПб. 1830.Т.5.№2937).

Учащиеся академии составляли “морскую гвардию” и организационно подразделялись на 6 бригад по 50 чел. в каждой. Возглавляли бригады кадровые морские офицеры, которые отвечали за обучение, воспитание и службу своих подчиненных. В Морской академии была установлена жесткая воинская дисциплина, которая насаждалась строгими мерами воздействия, вплоть до телесных наказаний нарушителей. За неявку в академию после отпуска предусматривались каторжные работы, а за побег смертная казнь (приговоры практически не исполнялись).

В Морской академии преподавали математику, навигацию, географию, артиллерию, фортификацию и другие науки. Учащиеся несли караульную службу и участвовали в морских походах. Много сделал для развития Морской академии ее директор Г.Г.Скорняков-Писарев, получивший разностороннее образование в Италии и Германии. Обучение в академии было весьма престижным из-за возможности получить хорошее образование и офицерский чин. Среди первых ее выпускников выделялись адмирал С.И.Мордвинов, географ-исследователь Д.Л.Овцын и известный мореплаватель А.И.Чириков.

Развитие специальных учебных заведений в России сдерживалось недостатком грамотной молодежи. Во всех учебных заведениях начала XVIII века приходилось заниматься повышением общеобразовательного уровня учащихся. Это удлиняло сроки обучения и отвлекало преподавателей от занятий по основным предметам. Необходимо было создать сеть начальных учебных заведений в разных регионах страны.

В тот период в российской провинции, кроме церковных приходов, очагами цивилизации являлись военные гарнизоны. Поэтому Петр 1 решил создать школы для солдатских детей при 49 полках русской армии.

С 1721 г. гарнизонные школы начали учреждать уже при каждом полку. Требовалось, чтобы в школе грамоте и различным ремеслам обучалось 50 человек (см.: Лалаев М.С. Исторический очерк военно-учебных заведений. СПб.1880. Ч.1-2.С.10.).

Также по указам Петра 1 были открыты адмиралтейские школы в Петербурге, Кронштадте и Ревеле (в 1719 г.), в Таврове ( в 1720 г.) и при Петербургской партикулярной верфи (в 1722 г.). В этих школах детей матросов, плотников и других мастеров учили “грамоте и цифири”. Аналогичные задачи ставились и перед горнозаводскими школами, которые создавались в Карелии, на Урале и в других регионах России.

Важную инициативу проявил вице-губернатор А.А.Курбатов, который в 1711 г. открыл в Архангельске начальную школу для местных детей.

Петр 1 обрадовался такому начинанию и указом от 28 февраля 1714 г. потребовал создавать арифметические школы для обучения мальчиков основам математики и письму. Эти школы были всесословными и размещались при архиерейских домах, верфях, горных заводах и полках русской армии.