Заседание конференции вел председательствующий, которого выбирали из числа наиболее авторитетных профессоров академии. При отсутствии председательствующего заседание вел следующий по старшинству профессор. В должностной инструкции было записано следующее: “Председательствующий должен прилежно смотреть за исправным и порядочным течением дел в академии и конференции и за отправлением должностей учащими, а о тех, которые нового распоряжения и перемены потребуют, предлагать конференции для общего рассуждения”.

В конце 1800 г. Медицинская коллегия утвердила штаты и должностные оклады постоянного состава академии. Профессорам был установлен чин VII класса, однако размер жалованья зависел от их специальности. Для профессоров по патологии – терапии, хирургии теоретической и практической, повивальной и врачебной судной науки (судебной медицины), анатомии – физиологии и ботаники годовое жалованье составляло 1200 руб. Для профессоров по математике – физике – 1000 руб., а по химии – 800 руб. в год.

В помощь профессорам назначались адъютант – профессора с VIII классным чином и годовым жалованьем от 500 до 450 руб. в год, в зависимости от специальности. При химическом театре работал лаборант с жалованьем 300 руб. Рисовальному мастеру был установлен оклад 350 руб., библиотекарю – 400 руб., а его помощнику – 150 руб. в год. Указанные должностные оклады считались максимальными; их еще нужно было заслужить добросовестной работой. Вновь назначенные на должности лица сначала получали сокращенные денежные оклады.

Хозяйством академии заведовал эконом с окладом в 500 руб. В его распоряжении находились двадцать штатных хозяйственных работников с окладами по 45 руб. в год. Содержание канцелярских служащих и канцелярские расходы укладывались в годовую сумму 850 руб. На ремонт зданий, покупку дров и свечей Медицинская коллегия выделяла дополнительные суммы. Надзор за поведением и обучением учащихся осуществлял инспектор с годовым жалованьем 800 руб.

Общие расходы Петербургской медико – хирургической академии на содержание 161 служащего постоянного состава составляли 27600 руб. в год. Содержание каждого казеннокоштного учащегося в год составляло 100 руб. Из этой суммы на покупку книг и канцелярских принадлежностей выделялось по 18 руб. студентам и по 8 – 12 руб. – ученикам (см.: Академические акты. Спб. 1850. С. 43). Кроме указанных сумм для поощрения лучших сотрудников и учащихся выделялись денежные вознаграждения.