В 1646 г. Коменский представил в Стокгольме высшему жюри университета еще не законченные дидактико-методические труды и в их числе – «Новейший метод преподавания языков».

В этой работе изложена методика преподавания латинского языка, основанная и построенная на индуктивном методе. Сперва - пример, затем - правило; предмет и параллельно - слово; свободное и осмысленное усвоение, а не мучительное зазубривание - таковы основные начала этого метода.

В соответствии с указаниями жюри Коменский приступил к подготовке к печати и других трудов. А весной 1647 г. Коменский снова приступил к работе над «Пансофией».

В 1648 г. скончался главный епископ «Чешских братьев»

и синод пригласил на эту должность Коменского. Он вернулся в Лешно, где ему суждено было стать последним руководителем общины.

В период второго пребывания в Лешно Коменский отредактировал работу Ласицкого «История братьев»

и написал работу «Свет во мраке»,

которая была издана в 1657 году.

В октябре 1648 г. Весгфальским миром закончилась Тридцатилетняя война. По положению договора вера подданых определялась той верой, которую исповедует их господин, что давало равные права кальвинистам, лютералами католикам, но только феодалам. Чехия по этому договору оказалась под господством Ггабсбургов, и поэтому католизм по-прежнему оставался государственной религией. Чешские изгнанники, бежавшие в Польшу, навсегда лишились возможности вернуться на родину.

В марте 1650 г. был проведен конгресс представителей общин «Чешских братьев»

, который принял постановление сохранить свою церковь и незыблемо соблюдать свой прежний устав.

В 1650 г. Коменского пригласил к себе покровитель Венгрии граф Сигизмунд Ракочи, который предложил ему консультировать руководство школой в г. Шарош-Патаке, а также осуществить свой пансофический план. Коменский охотно принял приглашение, поскольку в Венгрии «Чешским братьям»

оказывали покровительство и помощь. В октябре 1650 г. Коменский с женой и детьми поселился в Шарош-Патаке.

Венгерский период (четыре года) был одним из самых прлодотворных периодов в жизни Коменского.

Практическая работа в в гимназии в значительной степени обусловила теоретическую разработку им различных вопросов педагогики. Коменскому не удалось полностью перестроить гимназию в соответствии с идеями, изложенными в «Пансофической школе»,

но он сумел открыть три по-новому организованных класса, обучение в которых велось по учебникам самого Коменского и в духе его дидактической концепции.

Из трудов этого времени особенно большое значение имеет бессмертная книга «Мир чувственных вещей в картинках»

, которая быстро распространилась по всей Европе как замечательный учебник для изучения латинского языка. Этот учебник важен тем, что в нем последовательно реализован принцип наглядности. Эта книга оставалась признанным учебником почти до конца XIX века. Еще с десяток трудов педагогическо-дидактического характера написаны Коменским за годы пребывания в Шарош-Патаке.