После того как Габсбурги в 1620 г. победили в битве у Белой горы и казнили многих патриотов, а потом добрались до Фульнека, Коменскому как активному протестанту оказалось небезопасно оставаться здесь. С этого момента начинается тяжелый период скитаний и жизни в нелегальных условиях. Беда за бедой настигала Коменского. В 1621 г. в Фульнеке католики сожгли дом Коменского с его многочисленной библиотекой и ценными рукописями. А в 1622 г. занесенная испанскими войсками чума унесла жизни его жены Магдалины и обоих детей.

Однако же душевная травма, вызванная этим горем не смогла сломить волю великого патриота и своим личным примером он вселял в таких же многострадальных соотечественников дух бодрости и непримиримости.

Коменский покидает Моравию и скрывается в маленьком г. Брандисе, где пишет роман-трактат философско-социального направления «Лабиринт света и рай сердца».

В этой работе он критикует феодальные отношения и феодальное общество.

В 1624 г. в Брандисе Коменский познакомился с дочерью епископа Марией-Доротеей и женился на ней. До брака Доротея принимала участие в тайной работе общины братьев, а связав свою судьбу с Коменским, стала одним из активных деятелей этого движения.

Весной 1625 г. Коменского отправляют в Польшу для выяснения возможности прибежища чехам в этой стране. По возвращении Коменский ведет пропаганду об освобождении отечества.

Летом 1626 г. Коменский с женой и тестем укрываются в Северо-Восточной Чехии, в Биле-Тржемешне в замке чешского помещика Иржи Садовского. Здесь он пишет дидактическую работу на чешском языке, которая определила круг основных вопросов дидактики и их решение в «Великой дидактике».

31 июля 1627 г. император Фердинанд II провозгласил католичство официальной религией. В указе протестантам предлагалось поменять религию или покинуть Чехию. Многим патриотам пришлось оставить родину и перебраться в Польшу.

8 февраля 1628 г. Коменский поселился в польском городе Лешно, который издавна служил убежищем для «Чешских братьев».

В Польше в общей сумме Коменский проводит 28 лет.

Сразу после переезда Коменский стал преподавать в гимназии «братьев»

естествоведческие предметы, а в 1635 г. его избирают на должность ректора гимназии.

В эти годы Коменский проводит большую работу по усовершенствованию “Великой дидактики”, которую завершает в 1632 году.

Паралельно с работой над «Великой дидактикой»Коменский пишет учебник латинского языка «Открытая дверь языков и всех наук»

, который произвел переворот в системе преподавания этого важного предмета.

В 1633-1638 гг. Коменский продолжает работу над «Великой дидактикой»

и решает издать ее на латинском языке, чтобы она была доступна для всех народов. Но сначала он отправляет рукопись своему другу Иоахиму Гюбнеру, попросив его высказать свое мнение об этой работе. Получив отрицательный отзыв Коменский долгое время воздерживался от издания «Великой дидактики».

Только спустя 20 лет она была опубликована в Амстердаме в полном собрании дидактических сочинений. Эта классическая работа Коменского - основополагающий труд научной педагогики и она перевдена пости на все языки мира.