В 1654 г. Коменского вызывают в Лешно, где он продолжает свою деятельность, но в Лешно он проводит очень мало времени, так как в 1655 г. между Польшей и Швецией началась война. «Чешские братья»

считали победу Швеции предпосылкой для освобождения Чехии и сочуствовали шведам.

Это, а также то, что Коменский написал панегирик в честь короля Швеции Карла Густава, вызвало недовольство правящих кругов Польши «Чешскими братьями».

Когда польские войска взяли г. Лешно, они предали город огню, и разоренные чехи вынуждены были бежать не только из Лешно, но и из Польши. Во время пожара сгорела большая часть рукописей Коменского и все его проповеди, а сам он бежал в Силези и поселился в г. Фарнкфурте. Но вскоре он получил приглашение от сына своего друга Людвига ван Геера переехать в Амстердам, и в 1656 г. он вновь переезжает. Амстердамский сенат выделил чешским беженцам 2 млн. флоринов, а Коменского пригласил на должность профессора и назначил ему ежегодно 800 флоринов, чтобы он мог спокойно жить и продолжать работу над пансофическими трудами. Коменский из скромности отказался от должности профессора, но с горячей благодарностью принял помощь сената.

Амстердамский период жизни Коменского имеет всемирно-историческое значение в развитии педагогической мысли. Здесь в 1657 г. по постановлению амтсердамского сената и при материальной поддержке ван Геера было осуществлено издание Полного собрания дидактических сочинений, который содержит два тома и включает в себя почти все труды великого чешского педагога.

С начала 60-х годов Коменский почти прекратил работу над вопросами дидактики и последние 10 лет своей жизни посвятил практической деятельности по освобождению своей родины и разработке проблем мира и сотрудничества между народами. В эти годы он создает сочинение, которое называет “Всеобщий совет людским поколениям и в первую очередь - ученым, служителям религии, европейским властям об упорядочении дел человеческих. Коменский начал писать некоторые работы, вошедшие в это сочинение, еще в 1645 году, но не успел, и завещал их привести в порядок своему сыну. Многие рукописи были утеряны, и найдены только в 1934 г.

«Общий совет об исправлении дел человеческих»

полностью впервые был опубликован в 1966 г. Чехословацкой академией наук. «Общий совет»

- зеркало общественно-политического мировоззрения Коменского.

В 1667 г. он публикует работу «Ангел мира»,

в которой призывает человечество к миру и решению спорных вопросов государства на основе доброй воли, а не путем использования оружия и насилия.

Уставший от трудов и борьбы, лишенный родины, измученный Коменский пишет сочинение «Единственно необходимое»,

в котором мыслитель подводит итоги своей жизни. С глубокой горечью пишет Коменский: «Вся моя жизнь протекала не на родине, а в непрерывных скитаниях, мое пристанище постоянно менялось, нигде не находил я себе прочного приюта».

Последним сочиненим Коменского было «Продолжение братского завещания»