Содержание университетского образования, его структура, формы, методы и средства обучения студентов, управление учебным процессом обуславливались конкретными историческими условиями, характером задач которые стояли перед университетами на отдельных этапах.

Со времени основания и до 1773 года Львовский университет был в полном подчинении и ведении иезуитского ордена.

Состав студентов пополнялся за счет выпускников иезуитской школы-коллегии, которая функционировала как средняя школа и входила в структуру университета.

В университете действовало два отдела – философский и теологический. Обучение проводилось по программам иезуитских школ, разработанным в конце XIV века. Соответственно программам, отдел философии был как бы подготовительным. Студенты этого отдела в течение двух-трех лет осваивали, главным образом, философскую систему Аристотеля в ее средневековой интерпретации. В небольшом объеме изучались история, география, греческий язык. После этого 4 года следовала богословская подготовка. Преподавание на обоих отделах отличалось схоластичностью, догматизмом и осуществлялось на латинском языке.

Обучение в университете завершалось получением научной степени – лиценциата, бакалавра, магистра, доктора наук. Знания, которые студенты получали в университете, а также методы обучения, стиль педагогического руководства имели своей целью готовить воинствующих фанатиков, которые в своей будущей миссионерской деятельности должны были защищать интересы Католической Церкви.

Естественно, что студентами университета могли стать только дети польской шляхты. Лишь единицы выходцев из народа, скрывающие свою принадлежность к православной вере, могли учиться в университете.

Разложение феодально-крепостнических отношений во второй половине XVII века, развитие идей французских просветителей, открытия в области естественных наук повлияли на образовательный процесс в университете: была открыта кафедра математики, создан физико-математический кабинет, астрономическая обсерватория, вводилось изучение польского, французского и немецкого языков, географии и истории как отдельных предметов.

Эти нововведения повлияли на содержание и качество подготовки студентов. Многие из них затем продолжили учебу в Киево-Могилянской академии и впоследствии стали преподавателями Московской академии и Петербургской семинарии. В то же время устанавливаются связи Львовского университета с культурными и учебными заведениями украинских земель: Киево-Могилянской академией, Черниговским, Харьковским и Переяславским коллегиумами, а также с европейскими университетами: Парижским, Римским, Пражским. В типографии университета издавались труды ученых Киево-Могилянской академии, осуществлялся обмен учебной литературой. В рукописном фонде Центральной научной библиотеки АН Украины хранятся тексты лекций по философии, которые читались во Львовском университете, записи диспутов, которые проводились там в XVII-XVIII вв.

В 1773 году под натиском общественного мнения Папа римский был вынужден принять решение о ликвидации ордена иезуитов. Это произошло через год после первого передела Польши, согласно которого западно-украинские земли стали принадлежать Австрийской монархии.

На захваченных территориях австрийские власти продолжали ту же политику, что и магнатская Польша, только в «просвещенной» форме. В планах централизации и германизации многочисленных плененных австрийской монархией народов правительство отводило значительную роль организации просвещения, в том числе и высшего образования. Предполагалась реформа трех австрийских университетов – Виденского, Пражского и Львовского. Перед ними ставилась задача на первый план поставить не воспитание ученых, а подготовку профессиональных кадров – учителей, судей и священников.

В октябре 1784 года император Иосиф II подписал диплом об обновлении университета. Кроме факультетов философского, юридического, медицинского и теологического в состав университета входила и гимназия. Она являлась базой для комплектования контингента учащихся, а также «площадкой» для педагогической подготовки студентов.

Прогрессивный характер имело то, что по содержанию программ большинство факультетов имело светский характер. Несмотря на то, что обучение велось на латинском языке, отдельные предметы преподавались и на польском. Все студенты первые три года обучались по программе философского факультета, который по сути оставался общеобразовательным, подготовительным. Студенты, получившие философское образование, переходили на один из специальных факультетов, где продолжали образование по соответствующей программе.

Особое значение имело открытие в 1787 году при университете украинского института, призванного готовить, в первую очередь, учителей для реальных и классических гимназий, где обучались украинские дети. Несмотря на то, что программа института была ограничена, прогрессивное значение имело преподавание на украинском языке. Украинский институт в краткий период своего существования (до 1808 года) являлся проводником гуманитарного педагогического образования.