Харьковский университет основан в 1805 г. по инициативе В.Н.Каразина. До революции в его составе было 4 факультета: физико-математический, историко-филологический, медицинский и юридический, 8 научных обществ, астрономическая обсерватория, фундаментальная библиотека. Многочисленные научные школы, возникшие в Харьковском университете, содействовали становлению отечественной науки. В университете учились и работали известные ученые: математики М.В.Остроградский, А.М.Ляпунов, В.А.Стеклов, поэт П.П.Гулак-Артемовский, биолог И.И.Мечников, историк Н.И.Костомаров, композитор Н.В.Лысенко, писатель М.П.Старицкий и др. Харьковский университет сыграл важную роль в развитии национальной культуры украинского народа. В 1816-1819 гг. издавал журнал «Украинский вестник», в 1824-1825 гг. – «Украинский журнал». За годы Советской власти университет вырос в одно из крупнейших научно-учебных заведений. На его базе существовали Академия теоретических знаний (1920-1921), Институт народного образования (1921-1930), Институт профессионального образования и Физико-химико-математический институт (1930-1933). Медицинский и юридический факультеты были преобразованы в самостоятельные институты.

Новороссийский университет был основан по инициативе Н.И.Пирогова в Одессе в 1865 г. на базе Ришельевского лицея. После 1917 г. реорганизовывался в ряд самостоятельных вузов. С 1933 года носит имя Одесского. С Новороссийским университетом связана деятельность выдающихся ученых: И.И.Мечникова, И.М.Сеченова, А.О.Ковалевского, Е.Н.Щепкина и др.

Нежинский историко-филологический институт был создан в 1875 г. на базе Нежинского лицея. Институт готовил учителей классических языков, русского языка и истории для средних учебных заведений. Среди студентов были представители крестьян, мещан и других слоев населения. Окончили его историк Н.С.Державин, художник Н.С.Самокиш, педагог П.К.Волынский и др. В 1920 г. реорганизован в Нежинский институт народного образования.

Следует подчеркнуть, что с начала XIX в. в отечественном университетском образовании начинает набирать силу образовательная тенденция. В первую очередь это связано с формировавшейся в 1-й половине XIX в. концепцией государственной образовательной политики, которая в качестве главной задачи отечественной высшей школы определила подготовку высококвалифицированных кадров для обслуживания государственного аппарата. Подтверждением этого является вышедший в 1809 г. знаменитый указ, требовавший от всякого желавшего получить чин колежского асессора «выдержания экзамена в университете». Университеты постепенно начинают утрачивать положение учреждений «чистой науки», а на первое место выходят функции управления системой народного просвещения, подготовки педагогических кадров, интеллектуальной и государственной элиты.

Университеты как центры учебных округов способствуют быстрому расширению сети гимназий, лицеев, уездных и коммерческих училищ, школ. Созданные при университетах педагогические институты впервые в истории университетского педагогического образования поставили вопрос о специальной подготовке учителей как в условиях очной формы, так и экстерном. Ученые и ведущие преподаватели университетов активно помогают школе, просвещению народа. При университетах организуются курсы для учителей гимназий, проводятся первые учительские съезды. Созданные учеными университетов научные общества объединяют не только преподавателей университетов, но и учителей, широкую педагогическую общественность. Харьковский университет в период с 1805 по 1834 гг. являлся, по существу, центром организационно-методического руководства народным просвещением в Украине и на юге России. К началу 60-х годов XIX в. Харьковский университет подготовил более 3200 врачей, юристов, педагогов. Среди его выпускников более 550 работали преподавателями в средних учебных заведениях, около 80 – профессорами отечественных университетов и лицеев.

Высшие учебные заведения, прежде всего университеты, царское правительство рассматривало как оплот самодержавия, источник пополнения государственного аппарата и промышленности благонадежными кадрами. Вся жизнь университетов (научная, учебная, общественная) подлежала опеке и регламентации со стороны правительства и учебной администрации. Правда, под давлением революции 1905-1907 гг. правительство пошло на некоторые уступки, упразднило инспекцию над студентами и некоторые ограничения в приеме и вернуло университетам и другим вузам внутреннюю автономию. Однако после поражения революции все эти уступки были ликвидированы.

Как и раньше, в университетах было 4 факультета: историко-филологический, физико-математический, юридический и медицинский. В каждом из них имелись учебно-научные библиотеки и ряд научно-вспомогательных учреждений (клиник, лабораторий, кабинетов и т.п.). Так, в Харьковском университете было 30 кабинетов и лабораторий, обсерватория, исторический музей и архив, музей изящных искусств и древностей. Достаточно широкую научно-вспомогательную базу имели Киевский и Новороссийский университеты.